決勝の結果
沖縄：世名城ジャイアンツ 3－2 北海道：東16丁目フリッパーズ
世名城ジャイアンツ、初回表に先制されるもすぐに追いつき、3回に勝ち越し。その後1点差に詰められるも逃げ切り優勝。
4年ぶり決勝進出の北海道：東16丁目フリッパーズはまたしても決勝戦で涙を飲む。
3位決定戦の結果
大阪：玉櫛スラッガースポーツ少年団 3-10 大阪：新家スターズ
大阪対決となったの3位決定戦は、玉櫛スラッガースポーツ少年団の打線が爆発。
準決勝の結果
沖縄：世名城ジャイアンツ 12－5 大阪：玉櫛スラッガーズ
北海道：東16丁目フリッパーズ 13ー1 大阪：新家スターズ
ともに打線好調な沖縄と北海道が決勝進出！
準々決勝の結果
沖縄:世名城ジャイアンツ 4―3 徳島:板東野球スポーツ少年団
大阪：玉櫛スラッガースポーツ少年団 9―2 滋賀：北里少年野球クラブ
北海道：東16丁目フリッパーズ 7―0 福岡：吉富少年野球クラブ
広島：東広島クラッシャーズJr． 7―11 大阪：新家スターズ
第21回大会2回戦以降のトーナメント表
2回戦
- 2016年7月24日(日) 08:30
- 大阪：長曽根ストロングス 5
- 沖縄：世名城ジャイアンツ 6
- 2016年7月24日(日) 12:30
- 熊本：合志市フーチャーズ 3
- 兵庫：武庫之荘野球 5
- 2016年7月24日(日) 10:30
- 徳島：坂東野球スポーツ少年団 13
- 地元：高野山少年野球クラブ 0
- 2016年7月24日(日) 00:00
- 香川：坂出ブルーオーシャン 1
- 不戦勝 0
- 2016年7月24日(日) 08:30
- 静岡：小川ベースボールクラブ 5
- 大阪：玉櫛スラッガースポーツ少年団 7
- 2016年7月24日(日) 14:30
- 福井：会津ファイヤーキッズ 5
- 沖縄：上本部ドジャース 0
- 2016年7月24日(日) 10:30
- 奈良：三郷北イーグルス 6
- 高知：旭スポーツ少年団 9
- 2016年7月24日(日) 00:00
- 滋賀：北里少年野球クラブ 1
- 不戦勝 0
- 2016年7月24日(日) 08:30
- 北海道：東16丁目フリッパーズ 8
- 滋賀：浅井西スポーツ少年団 1
- 2016年7月24日(日) 00:00
- 愛知：富士シャーク 1
- 不戦勝 0
- 2016年7月24日(日) 10:30
- 滋賀：物部少年野球団 1
- 和歌山：四箇郷少年野球クラブ 8
- 2016年7月24日(日) 00:00
- 福岡：吉富少年野球クラブ 1
- 不戦勝 0
- 2016年7月24日(日) 08:30
- 広島：東広島クラッシャーズJr 5
- 鳥取：河北スポーツ少年団野球部 5
- 東広島：抽選勝ち
- 2016年7月24日(日) 14:30
- 和歌山：隅田少年野球部 5
- 大阪：山田西リトルウルフ 9
- 2016年7月24日(日) 10:30
- 京都：長岡京BB野球スポーツ少年団 3
- 大阪：新家スターズ 4
- 2016年7月24日(日) 00:00
- 奈良：柳本キングス 1
- 不戦勝 0
3回戦
- 2016年7月24日(日) 16:30
- 沖縄：世名城ジャイアンツ 16
- 兵庫：武庫之荘野球 0
- 2016年7月24日(日) 14:30
- 徳島：坂東野球スポーツ少年団 7
- 香川：坂出ブルーオーシャン 0
- 2016年7月24日(日) 16:30
- 大阪：玉櫛スラッガースポーツ少年団 10
- 福井：会津ファイヤーキッズ 7
- 2016年7月24日(日) 14:30
- 高知：旭スポーツ少年団 6
- 滋賀：北里少年野球クラブ 8
- 2016年7月24日(日) 12:30
- 北海道：東16丁目フリッパーズ 6
- 愛知：富士シャーク 3
- 2016年7月24日(日) 14:30
- 和歌山：四箇郷少年野球クラブ 2
- 福岡：吉富少年野球クラブ 3
- 2016年7月24日(日) 16:30
- 広島：東広島クラッシャーズJr 7
- 大阪：山田西リトルウルフ 6
- 2016年7月24日(日) 14:30
- 大阪：新家スターズ 5
- 奈良：柳本キングス 2
4回戦
- 2016年7月25日(月) 08:30
- 沖縄：世名城ジャイアンツ 4
- 徳島：坂東野球スポーツ少年団 3
- 2016年7月25日(月) 10:30
- 大阪：玉櫛スラッガースポーツ少年団 9
- 滋賀：北里少年野球クラブ 2
- 2016年7月25日(月) 08:30
- 北海道：東16丁目フリッパーズ 7
- 福岡：吉富少年野球クラブ 0
- 2016年7月25日(月) 10:30
- 広島：東広島クラッシャーズJr 7
- 大阪：新家スターズ 11
準々決勝
- 2016年7月25日(月) 12:30
- 沖縄：世名城ジャイアンツ 12
- 大阪：玉櫛スラッガースポーツ少年団 5
- 2016年7月25日(月) 12:30
- 北海道：東16丁目フリッパーズ 13
- 大阪：新家スターズ 1
準決勝
- 2016年7月26日(火) 10:00
- 沖縄：世名城ジャイアンツ 3
- 北海道：東16丁目フリッパーズ 2
第21回大会2回戦以降試合表
| 2回戦 | ||||
| 試合番号 | 日付 | 時間 | 対戦カード | 試合会場 |
| 1 | 2016年7月24日(日) | 08:30 | 大阪：長曽根ストロングス vs 沖縄：世名城ジャイアンツ | |
| 2 | 2016年7月24日(日) | 12:30 | 熊本：合志市フーチャーズ vs 兵庫：武庫之荘野球 | |
| 3 | 2016年7月24日(日) | 10:30 | 徳島：坂東野球スポーツ少年団 vs 地元：高野山少年野球クラブ | |
| 4 | 2016年7月24日(日) | 00:00 | 香川：坂出ブルーオーシャン vs 不戦勝 | |
| 5 | 2016年7月24日(日) | 08:30 | 静岡：小川ベースボールクラブ vs 大阪：玉櫛スラッガースポーツ少年団 | |
| 6 | 2016年7月24日(日) | 14:30 | 福井：会津ファイヤーキッズ vs 沖縄：上本部ドジャース | |
| 7 | 2016年7月24日(日) | 10:30 | 奈良：三郷北イーグルス vs 高知：旭スポーツ少年団 | |
| 8 | 2016年7月24日(日) | 00:00 | 滋賀：北里少年野球クラブ vs 不戦勝 | |
| 9 | 2016年7月24日(日) | 08:30 | 北海道：東16丁目フリッパーズ vs 滋賀：浅井西スポーツ少年団 | |
| 10 | 2016年7月24日(日) | 00:00 | 愛知：富士シャーク vs 不戦勝 | |
| 11 | 2016年7月24日(日) | 10:30 | 滋賀：物部少年野球団 vs 和歌山：四箇郷少年野球クラブ | |
| 12 | 2016年7月24日(日) | 00:00 | 福岡：吉富少年野球クラブ vs 不戦勝 | |
| 13 | 2016年7月24日(日) | 08:30 | 広島：東広島クラッシャーズJr vs 鳥取：河北スポーツ少年団野球部 | 東広島：抽選勝ち |
| 14 | 2016年7月24日(日) | 14:30 | 和歌山：隅田少年野球部 vs 大阪：山田西リトルウルフ | |
| 15 | 2016年7月24日(日) | 10:30 | 京都：長岡京BB野球スポーツ少年団 vs 大阪：新家スターズ | |
| 16 | 2016年7月24日(日) | 00:00 | 奈良：柳本キングス vs 不戦勝 | |
| 3回戦 | ||||
| 試合番号 | 日付 | 時間 | 対戦カード | 試合会場 |
| 17 | 2016年7月24日(日) | 16:30 | 沖縄：世名城ジャイアンツ vs 兵庫：武庫之荘野球 | |
| 18 | 2016年7月24日(日) | 14:30 | 徳島：坂東野球スポーツ少年団 vs 香川：坂出ブルーオーシャン | |
| 19 | 2016年7月24日(日) | 16:30 | 大阪：玉櫛スラッガースポーツ少年団 vs 福井：会津ファイヤーキッズ | |
| 20 | 2016年7月24日(日) | 14:30 | 高知：旭スポーツ少年団 vs 滋賀：北里少年野球クラブ | |
| 21 | 2016年7月24日(日) | 12:30 | 北海道：東16丁目フリッパーズ vs 愛知：富士シャーク | |
| 22 | 2016年7月24日(日) | 14:30 | 和歌山：四箇郷少年野球クラブ vs 福岡：吉富少年野球クラブ | |
| 23 | 2016年7月24日(日) | 16:30 | 広島：東広島クラッシャーズJr vs 大阪：山田西リトルウルフ | |
| 24 | 2016年7月24日(日) | 14:30 | 大阪：新家スターズ vs 奈良：柳本キングス | |
| 4回戦 | ||||
| 試合番号 | 日付 | 時間 | 対戦カード | 試合会場 |
| 25 | 2016年7月25日(月) | 08:30 | 沖縄：世名城ジャイアンツ vs 徳島：坂東野球スポーツ少年団 | |
| 26 | 2016年7月25日(月) | 10:30 | 大阪：玉櫛スラッガースポーツ少年団 vs 滋賀：北里少年野球クラブ | |
| 27 | 2016年7月25日(月) | 08:30 | 北海道：東16丁目フリッパーズ vs 福岡：吉富少年野球クラブ | |
| 28 | 2016年7月25日(月) | 10:30 | 広島：東広島クラッシャーズJr vs 大阪：新家スターズ | |
| 準々決勝 | ||||
| 試合番号 | 日付 | 時間 | 対戦カード | 試合会場 |
| 29 | 2016年7月25日(月) | 12:30 | 沖縄：世名城ジャイアンツ vs 大阪：玉櫛スラッガースポーツ少年団 | |
| 30 | 2016年7月25日(月) | 12:30 | 北海道：東16丁目フリッパーズ vs 大阪：新家スターズ | |
| 準決勝 | ||||
| 試合番号 | 日付 | 時間 | 対戦カード | 試合会場 |
| 31 | 2016年7月26日(火) | 10:00 | 沖縄：世名城ジャイアンツ vs 北海道：東16丁目フリッパーズ | |
